Jan Blažej Santini Aichel nebyl mistrem pražského zednického cechu a proto - i když v roce 1705 získal malostranské měšťanství - nesměl v Praze stavebně podnikat. Proto je počet jeho pražských staveb velice malý a pracoval zde pouze pro ty stavebníky, kteří nepodléhali cechovním předpisům, tedy šlechtice a církevní instituce. Pro stejný typ objednavatelů realizoval i většinu svých mimopražských realizací.

V době kolem roku 1700 zažívaly období velkého rozkvětu bohaté kláštery původem středověkých řádů benediktinů, cisterciáků a premonstrátů. V čele těchto velkých církevních institucí stanula tehdy pozoruhodná generace skvělých opatů českého vrcholného baroka. Její příslušníci pocházeli vesměs z nižších nebo středních společenských vrstev a byli to mužové mimořádné inteligence, rozsáhlého vzdělání, praktického a ekonomického uvažování, vysoce kultivovaného uměleckého cítění, hluboké a opravdové zbožnosti a mužné, činné lásky ke svěřeným klášterům. Jejím dílem byla i snaha o všestranné stavební a umělecké zvelebení nejen samotných klášterů, ale i celých panství. Narozeni byli vesměs na rozhraní druhé a třetí třetiny 17. století, v době kolem 1700, ve čtvrtém decenniu svého věku, vstupovali do opatských funkcí, ve kterých působili tři až čtyři desítky let. Jak z obsahového, tak z formálně uměleckého hlediska zformovali specifickou uměleckou zakázku v rámci českého baroka, kterou na stavebním poli prezentovala především Santiniho architektura. 

Mezi prvními Santiniho stavebníky byli opati cisterciáckých klášterů, zbraslavský Wolfgang Lochner a sedlecký Jindřich Snopek, kteří náleželi ještě předchozí generaci. Ti brzo rozpoznali uměleckou výjimečnost svého mistra a doporučili jeho služby i dalším klášterům svého řádu: do Plas opatu Eugenu Tyttlovi a do Žďáru nad Sázavou Václavu Vejmluvovi. Pro plaský i žďárský klášter pracoval Santini od doby kolem 1706 zcela soustavně až do své smrti v roce 1723. S opaty Tyttlem a Vejmluvou ho patrně poutaly i osobní přátelské vztahy. Pro plaský i žďárský klášter vytvořil celou řadu projektů, z nichž některé realizovali jeho následovníci - plaský stavitel Matěj Ondřej Kondel, nebo ve žďárských službách působící František Witinhofer - ještě řadu let po mistrově smrti. Je písemně doloženo, že Snopkův nástupce v Sedlci, opat Bonifác Blahna, doporučil Santiniho pro úkol přestavby ohněm zničeného klášterního kostela opatu premonstrátského kláštera v Želivi, Jeronými Hlínovi, se kterým se přátelil již od studentských let.

Václav Vejmluva

Jeroným Hlína

Eugen Tyttl

Václav Vejmluva pak zřejmě Santinimu zprostředkoval i významné zakázky dalších moravských klášterů: přestavbu proboštství zábrdovického premonstrátského kláštera a poutního místa ve Křtinách u Brna a velký projekt přestavby a novostavby benediktinského proboštství v Rajhradě. Posléze opat benediktinského kláštera v Kladrubech u Stříbra Maurus Fintzguth vypsal na přestavbu klášterního kostela v roce 1710 jakousi projekční soutěž a k účasti vyzval dva nejvýznamnější pražské architekty své doby: Kryštofa Dientzenhofera a Jana Blažeje Santiniho Aichela. Jak víme z jeho dopisu opatu ve Svatém Janu pod Skalou Emiliánu Koterovskému, zvolil k realizaci Santiniho návrh i přesto, že byl nákladnější.

Činnost pro velké církevní instituce (připomeňme alespoň ještě theatinskou kolej v Praze, klášter benediktinek u sv. Jiří v Praze, biskupství v Hradci Králové) zabírá větší část Santiniho tvorby. Mezi světskými, šlechtickými stavebníky měl Santini méně tak soustavných zákazníků. V jejich souvislosti třeba jmenovat především Norberta Leopolda, hraběte Kolowrata-Libštejnského a oba jeho syny, pro které stavěl v Praze, Rychnově nad Kněžnou, Dolním Ročově nebo Deštném, či Jeronýma hraběte Colloredo-Wallsee. Nepochybně nejkrásnější zámeckou stavbou Jana Blažeje Santiniho Aichela je pak zámek Karlova Koruna v Chlumci nad Cidlinou, který postavil v posledních létech svého života pro Františka Ferdinanda hraběte Kinského.